হেফাজতে ইসলাম বাংলাদেশের আমির গত এক বছরের মধ্যে পরিবর্তন হলো তিন জন। হেফাজতে ইসলামের প্রতিষ্ঠালগ্ন থেকে প্রথম আমির নির্বাচিত হন হাটহাজারী মাদ্রাসার মহাপরিচালক আল্লামা শাহ আহম্মদ শফি সাহেব। তিনি গত বছর ১৮ই সেপ্টেম্বর ইন্তেকাল করার পর ১৫ ই নভেম্বর হাটহাজারী মাদ্রাসার শিক্ষা ভবনে হেফাজতে ইসলামের নতুন কমিটি গঠন করে এই কমিটিতে হেফাজতের আমির হিসাবে নির্বাচিত করেন হাফেজ জুনাইদ বাবু নগরী।

পরবর্তীতে মাত্র ৪ মাসের মাথাই মরহুম বাবু নগরী তৎকালীন বিভিন্ন পরিস্থিতির কারণে উক্ত কমিটি ২৫শে এপ্রিল বিলুপ্ত ঘোষণা করেন। সেদিন আবার মধ্যে রাতে আহ্বায়ক কমিটি গঠন হলে আহ্বায়ক হন জুনাইদ বাবু নগরী। এরপর আবারো ৭ জুন ঢাকায় নতুন করে হেফাজতের কমিটি করলে সেই কমিটিতেও আবারো জুনাইদ বাবু নগরী দ্বিতীয় আমির নির্বাচিত হন। প্রায় ২ মাসের ব্যবধানে গত বৃহস্পতিবার (১৯ আগষ্ট) হেফাজতের আমির হাফেজ জুনাইদ বাবু নগরী ইন্তেকাল করলে তার নামাজের জানাযার আগেই ঘোষণা করেন নতুন আমির করা হয় তৎকালীন হেফাজতের প্রধান উপদেষ্টা ও জুনাইদ বাবু নগরীর আপন মামা মাওলানা মুহিবউল্লা বাবু নগরীকে। তিনি হচ্ছেন হেফাজতে ইসলাম বাংলাদেশের তৃতীয় আমির।

বর্তমান হেফাজতে ইসলাম বাংলাদেশের আমির মাওলানা মুহিবউল্লা বাবু নগরী ফটিকছড়ি উপজেলার বাবু নগর আজিজুল উলুম মাদ্রাসার মহা পরিচালকের দায়িত্বে আছেন। এতে করে হেফাজতে ইসলাম বাংলাদেশের নেতৃত্ব কি হাটহাজারী মাদ্রাসা থেকে চলে যাচ্ছে না কি আরো পাকাপোক্ত হচ্ছে হাটহাজারী মাদ্রাসা, তা এখন প্রশ্ন সকলের। তবে হেফাজতের বড় দুটি পদ হাটহাজারীর বাইরে চলে গেছে। হেফাজতের আমির হয়েছেন চট্টগ্রামের ফটিকছড়ি উপজেলার ও মহাসচিব মাওঃ নুরুল ইসলাম জিহাদী ঢাকার।