হাটহাজারী মাদ্রাসার সিনিয়র শিক্ষক ও হেফাজাতে ইসলামের মহাসচিব আল্লামা জুনায়েদ বাবুনগরীকে শাইখুল হাদীস ও নাযেমে তালিমাত বা শিক্ষা সচিব মনোনীত করা হয়েছে।

শনিবার(১৯ সেপ্টেম্বর)আছর নামাজের পর আল্লামা আহমদ শফির দাপনের পর অনুষ্ঠিত মাদ্রাসার মজলিসে সুরার বৈঠকে সর্বসম্মতিক্রমে এ সিদ্ধান্ত নেয়া হয়।

সুরার বৈঠকে মাদ্রাসা পরিচালনার জন্য মুফতি আবদুস সালাম, মাওলানা শেখ আহমদ সাহেব ও মাওলানা ইয়াহইয়া সহ তিন সদস্য বিশিষ্ট মজলিসে আমেলাও গঠন করা হয়েছে। মাদ্র্রাসার ব্যাপারে যে কোনো সিদ্ধান্তের ক্ষেত্রে এ ৩ জন মিলেই সিদ্ধান্ত নিবেন, একজন বা দুইজনের কোনো সিদ্ধান্ত গ্রহণযোগ্য হবে না। হেফাজাতে ইসলামের মহাসচিব আল্লামা জুনায়েদ বাবুনগরী জানান, আহমদ শফীর মৃত্যুর পর হেফাজত ইসলামের পরবর্তী আমির কে হবেন তা কাউন্সিলের মাধ্যমে নির্ধারণ করা হবে।তবে আল্লামা শাহ আহমদ শফির মতো মানুষ আর পাওয়া যাবে না। এখন আমার দায়িত্ব হলো কাউন্সিল ডাকা। কাউন্সিল যে সিদ্ধান্ত নেবেন সেটাই চুড়ান্ত হবে।তিনি বর্তমানে হাটহাজারী মাদ্রাসার পরিস্থিতি স্বাভাবিক আছে বলেও জানান ।
উল্লেখ্য,গত শুক্রবার ১৮ সেপ্টেম্বর সন্ধ্যার দিকে ঢাকার আজগর আলী হাসপাতালে ১০৫ বছর বয়সে তিনি সেখানেই চিকিৎসাধীন অবস্থায় ইন্তেকাল করেন । পরদিন ১৯ সেপ্টেম্বর শনিবার বেলা দুপুর ২টার দিকে দারাল উলুম মুঈনুল ইসলাম হাটহাজারী মাদরাসা মাঠ প্রাঙ্গনে পাখিয়ারটিলা কওমি মাদ্রাসার পরিচালক হুজুরের বড় সন্তান মাওলানা মোহাম্মদ ইউসুফ এর ইমামতিতে মরহুমের জানাযা নামাজের পর আহমদ শফীর ইচ্ছে অনুযায়ী মাদ্রাসা কবরস্থানে তাকে দাফন করা হয়।