কার্যক্রম শুরুর চার বছর অতিক্রম হলেও পটুয়াখালী মেডিক্যাল কলেজের নিজস্ব জনবলের পদ সৃষ্টি, মেডিক্যাল কলেজকে হাসপাতাল ঘোষণাসহ অন্যান্য অবকাঠামোগত কাজ সম্পন্ন না হওয়ায় জোড়াতালি দিয়ে চলছে পটুয়াখালী মেডিক্যাল কলেজের শিক্ষাকার্যক্রম।
বিগত ১০ জানুয়ারি ২০১৪, প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা ভিডিও কনফারেন্সের মাধ্যমে দেশের ১১টি স্থানে ১১টি নতুন মেডিক্যাল কলেজের শিক্ষা কার্যক্রম উদ্বোধনের সময় পটুয়াখালী মেডিক্যাল কলেজের শিক্ষাকার্যক্রমের আনুষ্ঠানিক উদ্বোধন করেন। উদ্বোধনের সময় থেকে পটুয়াখালী ২৫০ শয্যা জেনারেল হাসপাতাল সংলগ্ন কার্যক্রমের শুরুর অপেক্ষায় থাকায় নবনির্মিত সিসিইউ ভবনে মেডিক্যাল কলেজের একাডেমিক কার্যক্রম অদ্যাবধি চলছে। ২০১৪ সালে প্রথম ব্যাচে ৫১ জন ছাত্রছাত্রী নিয়ে ক্লাস শুরু করে, বর্তমানে চারটি ব্যাচে ১৯০ জন ছাত্রছাত্রী অধ্যয়নরত রয়েছে।
প্রতিষ্ঠার চার বছর পরও পটুয়াখালী মেডিক্যাল কলেজের জন্য কোনো কোনো জনবলের পদ সৃষ্টি হয়নি। বর্তমানে কর্মরত ৪৩ জন শিক্ষক-শিক্ষিকা স্বাস্থ্য অধিদপ্তরের ওএসডি পদায়ন পূর্বক সংযুক্তির মাধ্যমে মেডিক্যাল কলেজে কাজ করছেন। কলেজের একটি সূত্র জানায়, জনবল কাঠামো নিয়ে অধিদপ্তরে একাধিকবার প্রস্তাব পাঠানো হলেও বিভিন্ন অজুহাতে তা ফেরত দেয়া হয়েছে। সর্বশেষ ২০ জুন ১৮ পটুয়াখালী মেডিক্যাল কলেজের জন্য প্রয়োজনীয় ডাক্তারসহ ৪২০টি নতুন পদ সৃষ্টির জন্য সংশোধনী প্রস্তাব করা হয়েছে, কিন্তু অদ্যাবধি কোনো ঘোষণা হয়নি।
পটুয়াখালী মেডিক্যাল কলেজের জুলাই ২০১৬ সালে ৫৮৪ কোটি ৪৬ লাখ টাকা ব্যায়ে জুন ২০২০ পর্যন্ত প্রকল্পের কাজ শুরু হয়। যার মধ্যে ২৮২ কোটি ৬৩ লাখ টাকা ব্যয় ধরা হয়েছে অবকাঠামোগত কাজে। বর্তমানে গণপূর্ত বিভাগের মাধ্যমে শুরু হওয়া প্রকল্পের কাজের মধ্যে রয়েছে একাডেমিক ভবন, ছাত্রছাত্রী হোস্টেল,  ইন্টার্নি ছাত্রছাত্রী হোস্টেল, মহিলা ও পুরুষ ডাক্তার ডরমিটরি ভবন, স্টার্ফ নার্সেস ডরমিটরি, ইমার্জেন্সি স্টাফ ডরমিটরি, কম্বাইন্ড কোয়ার্টার ভবন।
২০১৪ সালে কলেজের আনুষ্ঠানিক কার্যক্রম শুরু হয়ে বর্তমানে পঞ্চম বর্ষের ক্লাস চলছে, আগামী বর্ষ থেকে এখানকার ছাত্রদের ইন্টার্নশিপ করতে হলে নিয়ম অনুযায়ী ৫০০ বেডের হাসপাতাল না হলে তা গ্রহণযোগ্য হবে না, বর্তমানে পটুয়াখালী মেডিক্যাল কলেজ হাসপাতাল সংলগ্ন পটয়ুাখালী জেনারেল হাসপাতালের  শয্যা সংখ্যা আছে ২৫০। যতদিন না পটুয়াখালী মেডিক্যাল কলেজ সংলগ্ন ২৫০ শয্যার হাসপাতালকে মেডিক্যাল কলেজ হাসপাতাল হিসেবে ঘোষণা না করা হবে, ততদিন পর্যন্ত এ ভোগান্তি পোহাতে হবে। এ ছাড়াও মেডিক্যাল কলেজ হাসপাতাল ঘোষণা হলে এখানে মিড লেবেলের ডাক্তারদের বিশেষ করে সহকারী রেজিস্ট্রার, রেজিস্ট্রার, আরএমও পর্যায়ের ডাক্তাররা তাদের এফসিপিএস এর চূড়ান্ত পর্যায়ে অংশগ্রহণের ক্ষেত্রে এখানকার সার্ভিস কাউন্ট হওয়ার শর্তে আসতে আগ্রহী হবে বলে জানিয়েছেন  কলেজের একাধিক শিক্ষক ।
কলেজের ভারপ্রাপ্ত অধ্যক্ষ ডা: এস এম আবুল হাসান জানান, একাধিক বার কলেজের জনবল কাঠামো অনুমোদনের জন্য পাঠানো হয়েছে, এ ছাড়াও পটুয়াখালী মেডিক্যাল কলেজ সংলগ্ন ২৫০ শয্যাবিশিষ্ট হাসপাতালকে পটুয়াখালী মেডিক্যাল কলেজ হাসপাতাল হিসেবে সরকারি গেজেট বিজ্ঞপ্তির মাধ্যমে ঘোষণা দেয়ার অনুরোধ জানানো হয়েছে স্বাস্থ্য মন্ত্রণালয়ে।
পটুয়াখালী মেডিক্যাল কলেজের প্রকল্প পরিচালক ডা: মো. আ. রহিম জানান, গণপূর্ত বিভাগে পটুয়াখালীর মাধ্যমে শুরু হওয়া ভবনের কাজগুলো এগিয়ে চলছে, তবে প্রকল্পের নির্ধারিত সময়ের মধ্যে শেষ করা যাবে কি-না সেটা এখনই বলা যাচ্ছে না। কেননা ২০১৭ সালে মেডিক্যাল কলেজ হাসপাতালের জায়গা চূড়ান্ত নিয়ে বিরোধের কারণে প্রকল্পের কাজে দীর্ঘ সময় নষ্ঠ হয়। পটুয়াখালী গণপূর্ত বিভাগ সূত্রে জানা গেছে, ২০২০ সালকে সামনে রেখে পটুয়াখালী মেডিক্যাল কলেজ ও হাসপাতাল স্থাপন প্রকল্পের কাজের চলতি মাস পর্যন্ত অবকাঠামোগত কাজে অগ্রগতি মাত্র শতকরা পাঁচ ভাগের কাছাকাছি। বাংলাদেশের সর্বদক্ষিণে সাগরপাড়ের নদীমাতৃক জেলা পটুয়াখালী ও বরগুনা জেলার জনগণকে সঠিক স্বাস্থ্যসেবা পেতে এখন বিভাগীয় শহর বরিশালে যেতে হয়। এ অঞ্চলের জনগনের সঠিক স্বাস্থ্যসেবা নিশ্চিত করতে পটুয়াখালীতে পূর্ণাঙ্গ মেডিক্যাল মেডিক্যাল হাসপাতালের দ্রæত বাস্তবায়ন জরুরি প্রয়োজন বলে এলাকাবাসী মনে করেন।