অলি-আউলিয়ার মাধ্যমে এ দেশে ইসলাম প্রচার ও প্রসার হয়েছে। আওলিয়া কেরামগণই কুষ্টিয়াসহ এ অঞ্চলে ইসলামের প্রসার ও শিক্ষা বিস্তারে অগ্রণী ভ‚মিকা পালন করেছেন। কুষ্টিয়ার ইতিহাসে ইসলামি শিক্ষা বিস্তারের দিকে লক্ষ করলে দেখা যায়, এ অঞ্চলে তেমন কোনো দ্বীনি শিক্ষাপ্রতিষ্ঠান ছিল না। নোয়াখালী, পটুয়ালীসহ বিভিন্ন স্থান থেকে আলেমগণ এসে এ অঞ্চলের বাড়িতে বাড়িতে এবং খানকায় আরবি শেখাতেন। উনিশ শতকের শেষ দশকে ও বিশ শতকের প্রথম তিন দশকের মধ্যে পশ্চিম বাংলার হুগলি জেলার ফুরফুরার পীর হজরত আবু বকর সিদ্দিকীর (রহ.) প্রচেষ্টায় কুষ্টিয়া জেলায় ইসলামি শিক্ষা বিস্তার লাভ করে। নদীয়া জেলায় কুমারখালী ও নদীয়ায় আঞ্জুমান প্রতিষ্ঠার মূলেও ফুরফুরার পীর হজরত আবু বকর সিদ্দিকীর (রহ.) অবদান রয়েছে। আঞ্জুমানগুলোর এ জেলায় কোনো মাদরাসা প্রতিষ্ঠা না করলেও ইসলামি ধ্যান-ধারণা ও ইসলামি জীবনযাত্রা প্রণালি রীতিনীতি শিক্ষাদানে বিশেষ ভ‚মিকা ছিল। কুষ্টিয়া জেলায় মাদরাসা শিক্ষা প্রতিষ্ঠার ক্ষেত্রে ফুরফুরার পীর হজরত আবু বকর সিদ্দিক (রহ.) এবং তার মেজ ছেলে হজরত মাওলানা আবু জাফর (রহ.) এ ক্ষেত্রে উল্লেখযোগ্য ভ‚মিকা রেখেছেন। অবিভক্ত নদীয়া তথা কুষ্টিয়া জেলায় তারা সর্বপ্রথম মাদরাসা স্থাপন করেন কুষ্টিয়ার পান্টিতে। মাদরাসাটির নাম পান্টি সিদ্দিকিয়া মাদরাসা। মাদরাসাটি কুষ্টিয়ার কুমারখালী উপজেলার পান্টিতে অবস্থিত। ১৯০৩ সালে ফুরফুরার পীর হজরত আবু বকর সিদ্দিকের (রহ.) নামানুসারে এ মাদরাসার নামকরণ করা হয় সিদ্দিকীয়া মাদরাসা। সমাজসেবক এরফান আলী মোল্লা ছিলেন পান্টি মাদরাসার সম্পাদক।
১৯২১ সালে আবু বকর সিদ্দিকীর নামানুসারে সিনিয়র মাদরাসা স্থাপন করা হয় কুষ্টিয়ার খোকসা উপজেলার আমবাড়িয়াতে। আবু বকর সিদ্দিকী সিনিয়র মাদরাসা নামে মাদরাসাটির নামকরণ করা হয়।
১৯৪৬ সালে খোকসা উপজেলার গোপগ্রামে অত্র অঞ্চলের সর্ব প্রথম মাদরাসা স্থাপিত হয়। ফুরফুরার পীর হজরত আবু বকর সিদ্দিক (রহ.) এবং তার মেজ ছেলে হজরত আবু জাফরের নামানুসারে কুষ্টিয়ার গোপগ্রাম আবু জাফরিয়া ওল্ড স্কিম মাদরাসা প্রতিষ্ঠা করা হয়। এ মাদরাসাটি প্রতিষ্ঠাতাদের মধ্যে মাদরাসার অধ্যক্ষ মাওলানা আব্দুস সোবহানের অবদান ছিল সবচেয়ে বেশি।
বর্তমানে মাদরাসাটি অত্যাধুনিক করা হয়েছে। এখন মাদরাসাটি আবু জাফরিয়া ফাজিল মডেল মাদরাসা নামে চলছে। এ মাদরাসাটির প্রতিষ্ঠাতাদের মধ্যে মাদরাসার অধ্যক্ষ মাওলানা আব্দুস সোবহানের অবদান ছিল বেশি। ১৯৫৬ সালে মৌলভি আফছার উদ্দিন আহমেদের প্রচেষ্টায় কুষ্টিয়া শহরে কুয়াতুল ইসলাম আলিয়া মাদরাসা প্রতিষ্ঠা হয়।
বর্তমানে কুষ্টিয়া জেলায় সরকারী-বেসরকারী অনেক মাদরাসা প্রতিষ্ঠা হয়েছে। ওই সময় কতিপয় মাদরাসা ইসলামের শিক্ষা বিস্তারে ব্যাপক ভ‚মিকা পালন করে। যারা এসব মাদরাসা প্রতিষ্ঠা করে ইসলামের খেদমত করে গেছেন তাদেরকে কুষ্টিয়াসহ দেশবাসী স্মরণ করে। দ্বীনি প্রতিষ্ঠান গড়ার জন্য যুগযুগ ধরে তাওহিদি জনতার মাঝে তারা বেঁচে থাকবেন এমনটিই মন্তব্য করেন জেলার সুশীল সমাজ।